16.2 Nachteile
Belegung des Computerraums
Wenn der Unterricht gewöhnlich in einem Klassenzimmer stattfindet, ist es oft sehr schwer, einen freien Computerraum zu finden. Vielleicht ist es sogar möglich, ein Webquest mit sechs Gruppen und nur 3 Computern im Klassenzimmer durchzuführen. Eine entsprechende Ausstattung einzelner Klassenzimmer mit Computern und Internetanschluss wird an den Gewerblichen Schulen Emmendingen gerade durchgeführt. Ein Computer pro Arbeitsgruppe reicht aber meist aus. 
Aufwändige Vorbereitung
Neben der fehlenden Hardware stellt der große Vorbereitungsaufwand sicher ein wichtiges Hindernis für die Anwendung von Webquests dar. 
Schnell veraltete Links
Da Links durch Veränderungen an vielen Webseiten schnell ins Leere führen, ist eine Überprüfung und Aktualisierung auch bereits erprobter Webquests einige Tage vor Durchführung des Unterrichts ratsam.